O exército bávaro entrou no período de guerras com a França revolucionária (1792-1799) e as guerras napoleônicas (1799-1815) após a reforma de 1790. Como resultado dessa reforma, o exército bávaro recebeu uniformes padronizados e, a partir de 1799, foram feitos esforços para melhorar significativamente o envidraçamento e a conclusão de unidades individuais. Vale a pena notar que a infantaria de linha na época foi reduzida para 10 regimentos, os regimentos Jäger também foram dissolvidos e 4 batalhões de infantaria leve foram criados a partir deles. A cavalaria, por outro lado, consistia em 3 regimentos de hussardos, 2 regimentos de dragões e tantos regimentos de couraceiros. Supõe-se que, como resultado de mudanças e reformas em 1790-1799, o exército bávaro era um dos melhores da Alemanha no início do século XIX. Vale lembrar que enquanto em 1800 a Baviera lutava ao lado do exército dos Habsburgos contra Napoleão, na campanha de 1805 já era um aliado napoleônico, e seu exército acabou sendo um adversário muito difícil para o exército austríaco. O exército bávaro também desempenhou um papel importante na campanha de 1809 que terminou na Batalha de Wagram. No decorrer da campanha russa de 1812, o exército bávaro perdeu aproximadamente 29.000 homens - dos 33.000 que marcharam sobre Moscou. Em 1813, a Baviera se juntou à coalizão antinapoleônica e suas tropas participaram, entre outras, da Batalha de Hanau. Em 1814, no final das Guerras Napoleônicas, o exército bávaro consistia, entre outros, de um regimento de guarda, 16 regimentos de infantaria de linha, dois batalhões de jegrim, 7 regimentos de cavalaria leve, 1 regimento de lanceiro e dois regimentos de artilharia de pé.